Un nuevo test genético permite identificar hasta cinco posibles variantes del SARS-CoV-2 inicial originado en China, las variantes del coronavirus de mayor impacto en la salud pública: alfa, beta, gamma, delta y delta plus (conocidas también como británica, sudafricana, brasileña e indias, respectivamente). Se trata de la nueva PCR Variant de Ascires Sistemas Genómicos, mediante la que se lleva a cabo un genotipado de la muestra positiva por coronavirus para identificar alguna de estas cinco variantes como agentes causantes de la infección.

Conocer la variante del contagio es muy relevante a nivel clínico y epidemiológico, así como de cara al entorno personal o familiar del paciente. Las cinco cepas mencionadas -principalmente la delta y la delta plus- se relacionan con una mayor transmisibilidad, ya que todas ellas incluyen una mutación en la proteína de la espícula (llave de entrada en la célula humana) que aumenta su capacidad de propagación.

Además, la variante británica (ya mayoritaria en España), la delta (dominante en Reino Unido, Rusia, Portugal e India, y en plena expansión en toda Europa) y la brasileña se asocian con una gravedad mayor que la cepa nativa, según los indicios recogidos en diferentes estudios científicos. Por su parte, la sudafricana y la delta plus se caracterizan por una mayor capacidad para escapar a la acción de los anticuerpos generados tras la infección natural o por determinadas vacunas.

“Desde la perspectiva médica, conocer la variante que provoca la infección nos proporciona una información muy valiosa, ya que nos permite personalizar la atención clínica. Si se trata de una cepa que se asocia a una mayor gravedad de la enfermedad, podemos intensificar el seguimiento del paciente o establecer un control más riguroso a través de pruebas complementarias de imagen, por ejemplo”, expone la responsable médico de la clínica Ascires Campanar, la doctora Amparo García.

“Al principio de la pandemia desconocíamos casi todo sobre el virus. Ahora, su estudio a nivel genómico nos da la posibilidad de anticiparnos y de combatirlo de manera más segura”, defiende la doctora García.

Si se trata de una variante más transmisible habría que extremar -más si cabe- todas las medidas de protección de cara al entorno personal y familiar del paciente.

Además, así como una información más precisa sobre las variantes del virus resulta útil a nivel clínico para el paciente afectado, también modula las pautas oficiales de salud pública.

Cuarentena para contactos estrechos, incluso vacunados

Según ha establecido recientemente el Ministerio de Sanidad, todos los contactos estrechos -también aquellos con pauta completa de vacunación o que hayan pasado la infección covid en los 6 meses previos- de una persona infectada por las variantes beta, gamma o delta, deberán guardar cuarentena. Este cambio de protocolo, recogido en la actualización de la Estrategia de detección precoz, vigilancia y control de Covid-19 del Ministerio, se relaciona con “el mayor riesgo de escape inmunitario” de las variantes sudafricana, brasileña e india.

Sin embargo, si se trata de un contagio por variante alfa (británica), los contactos estrechos vacunados con pauta completa o que hayan pasado la Covid en los últimos 6 meses no están obligados a confinarse.

Clave ante sospecha de reinfección

Así, la identificación de la variante que ha generado el contagio es también clave en los casos de “sospecha de reinfección o cualquier otro fenómeno de escape a la respuesta inmune”, tal como establece el Ministerio de Sanidad en el protocolo de Integración de la Secuenciación Genómica en la Vigilancia del SARS-CoV-2.

“En los casos de pacientes que han pasado la Covid hace más de 90 días o que ya han sido vacunados y dan positivo en una PCR, sería muy importante la identificación de la variante que ha provocado la nueva infección para ayudarnos a comprender el proceso y el abordaje del mismo”, argumenta la doctora García.

El análisis de la variante se realiza sobre la muestra nasofaríngea o de saliva que ha dado positivo por coronavirus en cualquiera de las pruebas moleculares que ofrece Ascires: PCR Multiplex (convencional), PCR Fast (rápida) y PCR Saliva. Sobre esta muestra positiva, se realiza una segunda PCR (PCR Variant) para detectar las mutaciones que han dado origen a las cinco variantes del virus.

Este servicio también está disponible en formato kit para que hospitales y centros de salud especializados desarrollen el análisis de genotipado con sus propias muestras.

Por otro lado, además de la PCR Variant, que detecta si la infección procede de alguna de las cinco variantes mencionadas, Ascires Sistemas Genómicos también tiene la capacidad de secuenciar las muestras positivas de SARS-Cov-2 para identificar cualquier otra cepa del virus.

De hecho, observar cómo evoluciona el virus en la población y conocer cuáles son las variantes predominantes también es crucial para el propio control de la pandemia. “A nivel epidemiológico esta información es clave para poder adaptar posibles pautas de seguimiento o de protección”, expone la directora de Ascires Sistemas Genómicos, Mayte Gil.